Suggested problems

Fetch out the genomic element between provided range in the geneome

June 5, 2013, 12:19 p.m. by abuzar hamza

Biological Motivation

Genome and next generation sequencing challenge. Genome has defined location of gene and transcription element.

Problem

The main object of the problem to fetch out the gene or the transcription element present in the range provided by the end user.

Given: Data has been provided for various location of motif on the genome motif1 240 (2:240-244)

name_of_motif strand_location (chromosome:start_cordinate-end_cordinate)

Sample Dataset

motif1 -43 (2:47-43)
motif1 -53 (2:57-53)
motif1 91 (2:91-95)
motif1 240 (2:240-244)
motif2 267 (6:267-272)
motif1 -274 (2:278-274)
motif4 322 (1:322-331)
motif4 324 (1:324-333)
motif1 326 (2:326-330)
motif4 326 (1:326-335)
motif1 328 (2:328-332)
motif4 328 (1:328-337)
motif1 330 (2:330-334)
motif1 332 (2:332-336)
motif1 381 (2:381-385)
motif1 -404 (2:408-404)
motif1 -423 (2:427-423)
motif1 -501 (2:505-501)
motif1 -511 (2:515-511)
motif1 549 (2:549-553)
motif1 698 (2:698-702)
motif2 725 (6:725-730)
motif1 -732 (2:736-732)
motif4 780 (1:780-789)
motif4 782 (1:782-791)
motif1 784 (2:784-788)
motif4 784 (1:784-793)
motif1 786 (2:786-790)
motif4 786 (1:786-795)
motif1 788 (2:788-792)
motif1 790 (2:790-794)
motif1 839 (2:839-843)
motif1 -862 (2:866-862)
motif1 -881 (2:885-881)
motif1 -959 (2:963-959)
motif1 -969 (2:973-969)
motif1 1007 (2:1007-1011)
motif1 1156 (2:1156-1160)
motif2 1183 (6:1183-1188)
motif1 -1190 (2:1194-1190)
motif4 1238 (1:1238-1247)
motif4 1240 (1:1240-1249)
motif1 1242 (2:1242-1246)
motif4 1242 (1:1242-1251)
motif1 1244 (2:1244-1248)
motif4 1244 (1:1244-1253)
motif1 1246 (2:1246-1250)
motif1 1248 (2:1248-1252)
motif1 1297 (2:1297-1301)
motif1 -1320 (2:1324-1320)
motif1 -1339 (2:1343-1339)
motif1 -1417 (2:1421-1417)
motif1 -1427 (2:1431-1427)
motif1 1465 (2:1465-1469)
motif1 1614 (2:1614-1618)
motif2 1641 (6:1641-1646)
motif1 -1648 (2:1652-1648)
motif4 1696 (1:1696-1705)
motif4 1698 (1:1698-1707)
motif1 1700 (2:1700-1704)
motif4 1700 (1:1700-1709)
motif1 1702 (2:1702-1706)
motif4 1702 (1:1702-1711)
motif1 1704 (2:1704-1708)
motif1 1706 (2:1706-1710)
motif1 1755 (2:1755-1759)
motif1 -1778 (2:1782-1778)
motif1 -1797 (2:1801-1797)
motif1 -1875 (2:1879-1875)
motif1 -1885 (2:1889-1885)
motif1 1923 (2:1923-1927)
motif1 2072 (2:2072-2076)
motif2 2099 (6:2099-2104)
motif1 -2106 (2:2110-2106)
motif4 2154 (1:2154-2163)
motif4 2156 (1:2156-2165)
motif1 2158 (2:2158-2162)
motif4 2158 (1:2158-2167)
motif1 2160 (2:2160-2164)
motif4 2160 (1:2160-2169)
motif1 2162 (2:2162-2166)
motif1 2164 (2:2164-2168)
motif1 2213 (2:2213-2217)
motif1 -2236 (2:2240-2236)
motif1 -2255 (2:2259-2255)
motif1 -2333 (2:2337-2333)
motif1 -2343 (2:2347-2343)
motif1 2381 (2:2381-2385)
motif1 2530 (2:2530-2534)
motif2 2557 (6:2557-2562)
motif1 -2564 (2:2568-2564)
motif4 2612 (1:2612-2621)
motif4 2614 (1:2614-2623)
motif1 2616 (2:2616-2620)
motif4 2616 (1:2616-2625)
motif1 2618 (2:2618-2622)
motif4 2618 (1:2618-2627)
motif1 2620 (2:2620-2624)
motif1 2622 (2:2622-2626)
motif1 2671 (2:2671-2675)
motif1 -2694 (2:2698-2694)
motif1 -2713 (2:2717-2713)
motif1 -2791 (2:2795-2791)
motif1 -2801 (2:2805-2801)
motif1 2839 (2:2839-2843)
motif1 2988 (2:2988-2992)
motif2 3015 (6:3015-3020)
motif1 -3022 (2:3026-3022)
motif4 3070 (1:3070-3079)
motif4 3072 (1:3072-3081)
motif1 3074 (2:3074-3078)
motif4 3074 (1:3074-3083)
motif1 3076 (2:3076-3080)
motif4 3076 (1:3076-3085)
motif1 3078 (2:3078-3082)
motif1 3080 (2:3080-3084)
motif1 3129 (2:3129-3133)
motif1 -3152 (2:3156-3152)
motif1 -3171 (2:3175-3171)
motif1 -3249 (2:3253-3249)
motif1 -3259 (2:3263-3259)
motif1 3297 (2:3297-3301)
motif1 3446 (2:3446-3450)
motif2 3473 (6:3473-3478)
motif1 -3480 (2:3484-3480)
motif4 3528 (1:3528-3537)
motif4 3530 (1:3530-3539)
motif1 3532 (2:3532-3536)
motif4 3532 (1:3532-3541)
motif1 3534 (2:3534-3538)
motif4 3534 (1:3534-3543)
motif1 3536 (2:3536-3540)
motif1 3538 (2:3538-3542)
motif1 3587 (2:3587-3591)
motif1 -3610 (2:3614-3610)
motif1 -3629 (2:3633-3629)
motif1 -3707 (2:3711-3707)
motif1 -3717 (2:3721-3717)
motif1 3755 (2:3755-3759)
motif1 3904 (2:3904-3908)
motif2 3931 (6:3931-3936)
motif1 -3938 (2:3942-3938)
motif4 3986 (1:3986-3995)
motif4 3988 (1:3988-3997)
motif1 3990 (2:3990-3994)
motif4 3990 (1:3990-3999)
motif1 3992 (2:3992-3996)
motif4 3992 (1:3992-4001)
motif1 3994 (2:3994-3998)
motif1 3996 (2:3996-4000)
motif1 4045 (2:4045-4049)
motif1 -4068 (2:4072-4068)
motif1 -4087 (2:4091-4087)
motif1 -4165 (2:4169-4165)
motif1 -4175 (2:4179-4175)
motif1 4213 (2:4213-4217)
motif1 4362 (2:4362-4366)
motif2 4389 (6:4389-4394)
motif1 -4396 (2:4400-4396)
motif4 4444 (1:4444-4453)
motif4 4446 (1:4446-4455)
motif1 4448 (2:4448-4452)
motif4 4448 (1:4448-4457)
motif1 4450 (2:4450-4454)
motif4 4450 (1:4450-4459)
motif1 4452 (2:4452-4456)
motif1 4454 (2:4454-4458)
motif1 4503 (2:4503-4507)
motif1 -4526 (2:4530-4526)
motif1 -4545 (2:4549-4545)
motif1 -4623 (2:4627-4623)
motif1 -4633 (2:4637-4633)
motif1 4671 (2:4671-4675)
motif1 4820 (2:4820-4824)
motif2 4847 (6:4847-4852)
motif1 -4854 (2:4858-4854)
motif4 4902 (1:4902-4911)
motif4 4904 (1:4904-4913)
motif1 4906 (2:4906-4910)
motif4 4906 (1:4906-4915)
motif1 4908 (2:4908-4912)
motif4 4908 (1:4908-4917)
motif1 4910 (2:4910-4914)
motif1 4912 (2:4912-4916)
motif1 4961 (2:4961-4965)
motif1 -4984 (2:4988-4984)
motif1 -5003 (2:5007-5003)
motif1 -5081 (2:5085-5081)
motif1 -5091 (2:5095-5091)
motif1 5129 (2:5129-5133)
motif4 5232 (1:5232-5241)
motif1 5236 (2:5236-5240)
motif1 5238 (2:5238-5242)
motif1 5312 (2:5312-5316)
motif2 -5450 (6:5455-5450)
motif1 5571 (2:5571-5575)
motif4 5571 (1:5571-5580)
motif4 5573 (1:5573-5582)
motif4 5575 (1:5575-5584)
motif1 5579 (2:5579-5583)
motif1 -5597 (2:5601-5597)
motif1 5646 (2:5646-5650)
motif6 -5689 (4:5700-5689)
motif5 -5691 (3:5698-5691)
motif7 -5694 (5:5698-5694)
motif5 -5776 (3:5783-5776)
motif7 -5779 (5:5783-5779)
motif2 -5784 (6:5789-5784)
motif1 -5818 (2:5822-5818)
motif1 -5828 (2:5832-5828)
motif1 5870 (2:5870-5874)
motif1 5872 (2:5872-5876)
motif1 5880 (2:5880-5884)
motif1 -5898 (2:5902-5898)
motif1 -5908 (2:5912-5908)
motif7 5956 (5:5956-5960)
motif6 -6597 (4:6608-6597)
motif5 -6599 (3:6606-6599)
motif7 -6602 (5:6606-6602)
motif1 -6653 (2:6657-6653)
motif1 6740 (2:6740-6744)
motif1 -6762 (2:6766-6762)
motif6 -6784 (4:6795-6784)
motif5 -6786 (3:6793-6786)
motif7 -6789 (5:6793-6789)
motif2 -6829 (6:6834-6829)
motif7 -6889 (5:6893-6889)
motif1 7318 (2:7318-7322)
motif1 7323 (2:7323-7327)
motif2 7684 (6:7684-7689)
motif1 -7796 (2:7800-7796)
motif1 7822 (2:7822-7826)
motif7 7840 (5:7840-7844)
motif5 7840 (3:7840-7847)
motif7 -7890 (5:7894-7890)
motif7 -8591 (5:8595-8591)
motif5 -8729 (3:8736-8729)
motif7 -8732 (5:8736-8732)
motif7 8820 (5:8820-8824)
motif7 -8955 (5:8959-8955)

Sample Output

motif1 motif2 for input of range 95..279